Varianty Covid a Omicron: lekce od Gamma, Iota a Mu

Na začátku roku 2021 objevili vědci v Kolumbii znepokojivý nový typ koronaviru. Tato varianta, nakonec známá jako Mu, měla několik znepokojivých mutací, o kterých se odborníci domnívají, že by jí mohly pomoci vyhnout se obraně imunitního systému.

Během následujících měsíců se Mo rychle rozšířilo v Kolumbii, Pohání nový nárůst případů Covid-19. Do konce srpna byl objeven v desítkách zemí a Světové zdravotnické organizaci ji jmenoval „Proměnná zájmu“.

Joseph Fofer, genetický epidemiolog na University of Nebraska Medical Center a autor Nedávná studie o proměnné.

Pak to zmizelo. Dnes varianta zcela vymizela.

za deltu nebo Omicron Existují varianty gama, iota nebo mu, které vedly k lokálním výbuchům, ale nikdy nepřenesly globální dominanci. A přestože porozumění Omicronu zůstává kritickou prioritou veřejného zdraví, lze se z tohoto menšího počtu kmenů poučit, říkají odborníci.

„Tento virus nemá žádnou motivaci zastavit adaptaci a evoluci,“ řekl Joel Werthem, molekulární epidemiolog z Kalifornské univerzity v San Diegu. „A vědět, jak jsi to dělal v minulosti, nám pomůže připravit se na to, co bys mohl dělat v budoucnu.“

Studie dohledu také zdůrazňují mezery v dohledu a chyby v politice – poskytují více důkazů o tom, že mezinárodní zákaz cestování v Americe nebyl účinný – a o tom, proč virus funguje, což naznačuje, že v rané fázi pandemie byla přenosnost důležitější než imunní. vyhýbání se.

Výzkum také zdůrazňuje, jak důležitý je kontext; Proměnné, které mají na některých místech vliv, se jinde neprosadí. V důsledku toho je obtížné předvídat, které proměnné se stanou dominantní, a udržet si přehled o budoucích proměnných a patogenech bude vyžadovat komplexní sledování v téměř reálném čase.

„Můžeme hodně získat, když se podíváme na sekvenci virového genomu a řekneme si: „Jeden je pravděpodobně horší než druhý,“ řekl Dr. Werthem.

The Koronavirus Neustále se mění a většina nových variant zůstává bez povšimnutí nebo pojmenování. Jiní však bijí na poplach, buď proto, že se rychle stávají běžnějšími, nebo proto, že jejich genomy vypadají zlověstně.

Obojí platilo pro Mo, když se rozšířil do Kolumbie. „Obsahoval několik mutací, které lidé bedlivě sledovali,“ řekla Marie Petron, genetická epidemioložka z University of Sydney a autorka Moeova nového článku. Několik spike proteinových mutací bylo dokumentováno v jiných imunologických variantách, včetně beta a gama.

READ  V prodeji je 7 párů stylových zimních bot, které nevypadají špatně

V nové studii, která dosud nebyla publikována ve vědeckém časopise, vědci porovnávali biologické vlastnosti Mu s vlastnostmi Alpha, Beta, Delta, Gamma a původního viru. Zjistili, že Mu se nereplikuje rychleji než kterákoli jiná varianta, ale je nejvíce imunní – odolnější vůči protilátkám než jakákoli známá varianta kromě Omicronu.

Analýzou genomových sekvencí vzorků Mu odebraných z celého světa vědci rekonstruovali prevalenci varianty. Došli k závěru, že Mu se s největší pravděpodobností objevil v Jižní Americe v polovině roku 2020. Poté několik měsíců koloval, než byl objeven.

Řekl, že genomický dohled v mnoha částech Jižní Ameriky byl „neúplný a neúplný“ Jesse Bloom, odborník na virovou evoluci z Fred Hutchinson Cancer Research Center v Seattlu. „Kdyby byl v těchto oblastech lepší monitoring, možná by bylo snazší rychle posoudit, jak moc je Mo znepokojen.“

Mo představoval další výzvu. Náhodou měla typ mutace, známý jako posunová mutace, která byla ve vzorcích koronaviru vzácná. Tyto mutace byly označeny jako chyby, když se vědci, včetně Dr. Fofera, pokusili nahrát své sekvence Mu GISAIDmezinárodní úložiště virových genomů používané ke sledování nových variant.

Tato komplikace způsobila zpoždění ve veřejné účasti Mo sekvencí. Výzkumníci zjistili, že doba mezi odebráním vzorku viru od pacienta a zveřejněním na GISAID byla u případů Mu vždy delší než u případů Delta.

„Samotný genom v podstatě vytvářel umělé mezery ve sledování,“ řekl Dr. Faufer. „To vedlo, alespoň podle našich zkušeností, k tomu, že nemáme data na týdny, když se je běžně snažíme publikovat během několika dní.“

(Výzkumníci zdůraznili důležitost systémů kontroly kvality GISAID a úložiště problém vyřešilo.)

Zkombinujte tyto monitorovací mezery s Muinými imunními úniky a vypadalo to, že alternativa se chystá vzlétnout. Ale to se nestalo. Místo toho vědci zjistili, že se Mo rozšířil z Jižní a Střední Ameriky na jiné kontinenty, ale jakmile se tam dostal, nerozšířil se široce. „To byl náznak toho, že tato varianta nebyla nutně tak vhodná pro možná severoamerickou a evropskou populaci, jak bychom očekávali,“ řekl Dr. Petron.

READ  Jak skončí naše sluneční soustava? Vzdálená planeta nabízí rady

Bylo to s největší pravděpodobností proto, že Mu soutěžil s ještě úžasnější variantou: delta. Delta nebyla tak zručná v úniku protilátek jako Mu, ale byla přenosnější. „Takže se Delta nakonec rozšířila více,“ řekl Dr. Bloom.

Studium úspěšných variant vypráví jen polovinu příběhu. „Proměnné, které se nestanou dominantními, jsou svým způsobem negativní kontroly,“ řekl Dr. Petron. „Říkají nám, co nefungovalo, a tím pomáhají vyplnit mezery ve znalostech o proměnlivé kondici.“

Delta překonala několik imunogenních variant kromě Mu, včetně Beta, Gamma a Lambda. Tento vzorec naznačuje, že samotné vyhýbání se imunitě nestačilo k tomu, aby varianta přerostla vysoce infekční verzi viru – nebo to alespoň nebylo v rané fázi epidemie, kdy imunitu mělo jen málo lidí.

Ale očkování a četné vlny infekcí změnily imunitní krajinu. Vědci uvedli, že vysoce imunně nepolapitelná alternativa by nyní měla mít větší výhodu, což je pravděpodobně část důvodu úspěchu společnosti Omicron.

Jiná nedávná studie naznačila, že se imunitní systém vyhýbal gama v New Yorku Mít tendenci dělat lépe Ve čtvrtích s vyšší úrovní již existující imunity, v některých případech proto, že byly tvrdě zasaženy první vlnou Covidu. „Nemůžeme vidět novou proměnnou ve vakuu, protože přichází ve stínu všech proměnných, které jí předcházely,“ řekl Dr. Werthem, který byl autorem studie.

Střet proměnných v minulosti skutečně odhaluje, že úspěch do značné míry závisí na kontextu. Například New York City mohlo být rodištěm varianty Iota, která Bylo to objeveno poprvé Ve vzorcích viru odebraných v listopadu 2020. „Takže se brzy uchytil,“ řekl Dr. Petron. I po příchodu přenosnější varianty Alpha zůstala Iota několik měsíců dominantní variantou ve městě, než nakonec zmizela.

Ale v Connecticutu, kde Iota a Alpha debutovaly v lednu 2021, to šlo jinak. „Alfa okamžitě vzlétla, IOTA neměla šanci,“ řekl Dr. Petroni, který operaci vedl. Studujte proměnné ve dvou oblastech.

Podobný vzorec se již začíná objevovat u mnoha kmenů Omicron. Ve Spojených státech, BA.2.12.1, varianta poprvé identifikovaná v New Yorku, vzlétlZatímco v Jižní Africe, BA.4 a BA.5 pohánějí nový boom.

READ  Portálový obrázek inspiruje teorie života na Marsu

To je další důvod, proč studovat varianty, které se zmenšily, řekla Sarah Ottová, evoluční bioložka z University of British Columbia. Alternativa, která nebyla dobře sladěna s konkrétním časem a místem, mohla vzlétnout jinde. Ve skutečnosti byla pravděpodobně Moova smůla, že se objevil tak brzy. „Možná nebylo dost lidí s imunitou, aby tuto variantu podpořili,“ řekl Dr. Otto.

Ale další znepokojující variantou by mohl být potomek nebo něco podobného kmene vyhýbajícímu se imunitě, který se nikdy neuchytil, řekla.

Pohled na předchozí proměnné může poskytnout pohled na to, co fungovalo – nebo nefungovalo – aby je obsahovalo. Nová studie Gamma o tom poskytuje další důkazy Mezinárodní zákaz cestováníalespoň tak, jak je implementován Spojenými státy, pravděpodobně nezabrání celosvětovému rozšíření varianty.

Gamma byla poprvé uznána v Brazílii koncem roku 2020. V květnu toho roku, Spojené státy zakázaly většině neamerických občanů cestovat do země z Brazílie, přičemž toto omezení zůstává v platnosti Do listopadu 2021. Nicméně gama byla objevena ve Spojených státech v lednu 2021 a brzy se rozšířila do desítek zemí.

Vzhledem k tomu, že Gamma nikdy nedominovala celosvětově, její studie prevalence poskytuje „čistší“ obrázek účinnosti zákazu cestování, řekla Titiana Vasilyeva, molekulární epidemioložka z Kalifornské univerzity v San Diegu a autorka studie. „Pokud jde o studium proměnných, jako je delta – něco, co všude způsobuje masivní propuknutí – je někdy opravdu těžké najít vzory, protože se to děje ve velmi velkém měřítku a velmi rychle,“ řekla.

Dr Faufer řekl, že v probíhající globální zdravotní nouzi s rychle se měnícím virem existuje pochopitelný důvod zaměřit se na budoucnost. Když se pozornost světa obrátila na Deltu a poté na Omicron, on a jeho kolegové debatovali, zda pokračovat ve studiu staré zprávy Mu.

vzpomíná dr. „Ale myslíme si, že stále existuje prostor pro vysoce kvalitní studie, které kladou otázky o již existujících proměnných, které nás znepokojují, a snaží se přehodnotit, co se stalo.“

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *